เมื่อพระเจ้าตากสินมหาราชโปรดให้ย้ายราชธานีจากกรุงศรีอยุธยามาตั้ง ณ กรุงธนบุรีและ
ได้ทรงสร้างพระราชวังใหม่  มีการขยายเขตพระราชฐาน  เป็นเหตุให้วัดแจ้งตั้งอยู่กลาง
พระราชวังจึงไม่โปรดให้มีพระสงฆ์จำพรรษา  

แต่สำเร็จเพียงแค่กุฎีสงฆ์ก็สิ้นรัชกาลที่ ๑ ใน พ.ศ. ๒๓๕๒ เสียก่อน ต่อมาในรัชกาลพระบาท
สมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย รัชกาลที่ ๒ พระองค์ทรงดำเนินการปฏิสังขรณ์ต่อจนเสร็จ 
ทั้งได้ทรงปั้นหุ่นพระพุทธรูปด้วยฝีพระหัตถ์ และโปรดให้หล่อขึ้นประดิษฐานเป็นพระประธาน
ในพระอุโบสถ และโปรดให้มีมหรสพสมโภชฉลองวัดในปี พ.ศ. ๒๓๖๓ แล้วโปรดพระราชทาน
พระนามวัดว่า "วัดอรุณราชธาราม" 

          ในสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๓ ได้ทรงปฏิสังขรณ์วัดอรุณฯ 
      ใหม่หมดทั้งวัด พร้อมทั้งโปรดให้ลงมือก่อสร้างพระปรางค์ตามแบบที่ทรงคิดขึ้น 
      จนสำเร็จเป็นพระเจดีย์สูง ๑ เส้น ๑๓ วา ๑ ศอก ๑ คืบ กับ ๑ นิ้ว ฐานกลมวัดโดยรอบได้ 
      ๕ เส้น ๓๗ วา ซึ่งการก่อสร้างและปฏิสังขรณ์สิ่งต่าง ๆ ภายในวัดอรุณฯ นี้สำเร็จลงแล้ว 
      แต่ยังไม่ทันมีงานฉลองก็สิ้นรัชกาลที่ ๓ ในปี พ.ศ. ๒๓๙๔

             ครั้นถึงสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๕ เกิดเพลิงไหม้พระอุโบสถ จึงโปรดเกล้าฯ ให้ปฏิสังขรณ์พระอุโบสถใหม่เกือบทั้งหมด โดยได้โปรดให้กรมหมื่นปราบปรปักษ์เป็นแม่กองในการบูรณะ และโปรดเกล้าฯให้นำเงิน
ที่เหลือจากการบริจาคของพระบรมวงศานุวงศ์ไปสร้างโรงเรียนตรงบริเวณกุฎีเก่า
ด้านเหนือ ซึ่งชำรุดไม่มีพระสงฆ์อยู่เป็นตึกใหญ่แล้วพระราชทานนามว่า "โรงเรียนทวีธาภิเศก" นอกจากนั้นยังได้โปรดให้พระยาราชสงครามเป็นนายงานอำนวยการปฏิสังขรณ์พระปรางค์
องค์ใหญ่ และเมื่อเสร็จเรียบร้อยแล้วจึงโปรดให้มีการฉลองใหญ่รวม ๓ งานพร้อมกันเป็นเวลา
๙ วัน คือ งานฉลองพระไชยนวรัฐ งานบำเพ็ญพระราชกุศลพระชนมายุสมมงคล คือ มีพระชนมายุเสมอพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย และ งานฉลองพระปรางค์
ต่อมาในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช รัชกาลที่ ๙ มีการบูรณะปฏิสังขรณ์หลายอย่าง โดยเฉพาะพระปรางค์วัดอรุณฯ ได้รับการปฏิสังขรณ์
เป็นการใหญ่มีการประกอบพิธีบวงสรวงก่อนเริ่มการบูรณะพระปรางค์ใน
วันพุธที่ ๒๗ ธันวาคม ๒๕๑๐ และการบูรณะก็สำเร็จด้วยดีดังเห็นเป็นสง่างามอยู่จนทุกวันนี้

         ต่อมาในปี พ.ศ. ๒๓๖๓ พระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย โปรดเกล้าฯ ให้มีการปฏิสังขรณ์และฉลองวัดและพระราชทานนามใหม่ว่า "วัดอรุณราชธาราม" ครั้นถึงรัชการพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว โปรดเกล้าฯ ให้บูรณะปฏิสังขรณ์
เพิ่มเติมอีก แล้วทรงเปลี่ยนชื่อวัดเป็น "วัดอรุณราชวราราม" ดังที่เรียกกันมาจนถึงปัจจุบัน